Muzej vode otvoren je 2021. godine u staroj neoklasicističkoj zgradi vodovoda. Zgrada je u sklopu obnove Dioklecijanova vodovoda izgrađena 1879. godine prema projektu Jakova Antonellija. Sagrađena je od bijelog bračkog kamena i ukrašena kamenim elementima koje je izradila renomirana klesarska tvrtka Dall'Ara iz Milana u kojoj je klesana i splitska Monumentalna fontana. U središnjem gornjem dijelu pročelja zgrade nalazi se medaljon s jedinim prikazom cara Dioklecijana u Splitu.
Kada je 1931. izgrađena vodovodna pumpna stanica u Kopilici, stara zgrada vodospreme izgubila je svoju izvornu funkciju te se sve do nedavno koristila kao poslovni prostor u kojem su građani plaćali račune za vodu. Ideja da se ova zgrada pretvori u izložbeni prostor postojala je duže vrijeme, a posebno treba istaknuti zalaganje dr. sc. Duška Kečkemeta za njezinu preobrazbu u kulturne svrhe.